Pengundian babak gugur digelar pada tanggal 3 November, pukul 12.00 waktu setempat.
Zenit dipastikan akan menghadapi Dynamo Moskow usai pengundian babak perempatfinal jalur Liga Primer Rusia.
Leg pertama akan digelar pada 28 — 30 November 2023 dan Zenit akan bertandang ke kandang Dynamo terlebih dahulu. Sedangkan, leg kedua akan digelar pada 12 — 14 Maret 2024.